一是要求土壤墒情适宜。土壤太干或太湿都不利于微生物肥肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。

　  二是不能与杀菌剂混用。菌是菌肥的主要体现，若与杀菌剂混用，杀菌剂容易杀灭微生物肥中的微生物，降低微生物肥的肥效。

　  三是与化肥混用，要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。

　  四是不同种类的菌肥不宜混用。目前，市场上的微生物肥种类很多，其所含的微生物不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制，则会降低肥效。
　  中国液肥领导者河南漯效王生物科技股份有限公司生产研发的“合生王”复合微生物肥料，采用微生物多肽菌群与螯合态氮磷钾生产工艺研制的高科技复合微生物肥料，含有大量固氮、解磷、解钾活性菌、高活性酶制剂、多肽菌落群、螯合态氮磷钾及丰富的有机质。使用本品后，能快速促进植物根系生长，高山土壤理化性状，增强土壤保肥、保水、抗病能力，有效提高肥料的利用率，从而减少化肥的施用量。长期使用，从根本上解决土壤板结、盐碱、农药化肥残留等环境污染问题。肥料中含大量有益微生物菌，可抑制土壤中有害病原菌的生长繁殖，减少病虫害的发生，减轻因重茬导致的连作障碍。